Z inicjatywą powołania orkiestry wystąpił Mirosław Dąbrowski w styczniu 1946 roku podczas zebrania Związku Zawodowego Muzyków RP. Już po dwóch miesiącach, 17 marca 1946 roku odbył się inauguracyjny koncert Małej Orkiestry Symfonicznej Związku Zawodowego Muzyków RP pod batutą pierwszego kierownika i dyrygenta Mirosława Dąbrowskiego. W programie koncertu znalazły się: „Marsz" Holzmanna, „Wiązanka melodii operowych" Schreinera, fantazja „Echo z polskich gór" Żaka i walc z operetki „Zemsta nietoperza" Straussa.

W latach pięćdziesiątych orkiestra rozpoczęła stałą działalność koncertową. W 1962 roku zespół przyjął imię Felixa Nowowiejskiego (1877-1946), znanego kompozytora urodzonego w pobliskim Barczewie. Jednocześnie instytucja uzyskała status Państwowej Orkiestry Symfonicznej w Olsztynie, a na początku 1973 roku została przekształcona w Filharmonię.

Orkiestra symfoniczna Filharmonii Warmińsko-Mazurskiej notuje sukcesy w kraju i za granicą, dokonuje licznych nagrań płytowych, gra koncerty transmitowane przez radio. Sala koncertowa jest miejscem wielu prawykonań polskich i światowych, na naszej estradzie występują sławni artyści, promujemy młodzież utalentowaną muzycznie. Dużym uznaniem melomanów cieszą się organizowane na przestrzeni lat festiwale muzyczne, cykle Koncertowe i poranki symfoniczne. Wierna publiczność gorąco oklaskuje cotygodniowe koncerty.

Filharmonia Warmińsko-Mazurska prowadzi szeroką działalność edukacyjną dla dzieci, młodzieży i studentów: audycje przedszkolne, szkolne koncerty kameralne, koncerty symfoniczne dla szkół ponadpodstawowych, koncerty uniwersyteckie i inne, także we współpracy z chórami działającymi w Olsztynie. Warmińsko-Mazurska Filharmonia im. Felixa Nowowiejskiego w Olsztynie weszła w XXI wiek, jako instytucja kultury finansowana przez Urząd Marszałkowski Województwa Warmińsko-Mazurskiego, funkcję dyrektora naczelnego pełni Janusz Bogdan Lewandowski, a od l stycznia 2008 roku dyrektorem artystycznym jest Janusz Przybylski.